Les symptômes de la diphtérie apparaissent généralement 2 à 5 jours après l’exposition à la bactérie. Les symptômes courants sont la fièvre, un mal de gorge et un gonflement des ganglions du cou.
Deux à trois jours après l'infection, la toxine ayant détruit les tissus sains du système respiratoire, les tissus morts s'accumulent dans les voies respiratoires, formant une épaisse membrane grisâtre. Celle-ci peut recouvrir le nez, les amygdales et la gorge, rendant la respiration et la déglutition difficiles.
Des complications peuvent survenir, comme une inflammation du cœur ou des nerfs.